食品保健品洁净室（区）是在食品行业的原料加工、深加工生产的一门洁净技术的应用。食品行业的洁净室，除了控制空气中的微粒外，也对空气环境的微生物控制严格，在技术上防止微生物对食品的交叉污染。其中最具代表性的是无菌包装，食品的无菌包装（如软包装鲜果汁、牛乳等等），就是在洁净环境中完成包装工艺，在保持食品色、香、味、营养等方面大大优于一般的高温杀菌的罐装食品。除了无菌包装，空气洁净技术在食品酿造、发酵中也有很高的应用。

        食品保健品洁净室（区）的洁净等级参照医药工业洁净室，但比一般的洁净室要求要高，根据原来的现在已停止实行的美国联邦标准FS 209B具体细化可分为100级、1000级、10000级、100000级、3000000级，根据与ISO-14644是国际标准接轨的中国国家标准GB-50073有1～9级，原来的100级、1000级、10000级和100000级都是分别由被国际标准ISO-14644标准中的5级、6级、7级和8级所替代，这类洁净室（区）的洁净度等级1-8级，其中1～5级，气流流型为单向流或混合流，风速0.2～0.45m/s；6级气流流型为非单向流，换气次数50～60次/h；7级气流流型为非单向流，换气次数15～25次/h；8～9级气流流型为非单向流，换气次数10～15次/h。

        在这类洁净室更注重卫生、安全，对车间内墙壁、天花板和门窗均应选用无毒、浅色、防水、防霉、不脱落、易于清洗的材料修建；墙角、地角、顶角应当具有弧度（曲率半径应不小于3cm）；车间内的操作台、传送带、运输车、工器具均用无毒、耐腐蚀、不生锈、易清洗消毒、坚固的材料制作。尽可能使完成的洁净室能给客户创造价值，这类洁净室有很多余热等可回收的能源，对这类的洁净室有很多在节能方面的措施方案潜力挖掘。